本小节主要介绍Affinity Photo图层面板的功能与使用。Affinity Photo可以直接读取标准的 .psd 文件，普通图层基本都可见，加过效果的图层会和 Photoshop一样多一个 fx 的标识，双击可以调出图层效果面板。图层的分组，合并，对齐，隐藏等操作都和同类应用无异，只不过在快捷键的设置上略有不同。另外对于图层混合模式的调整是实时预览的，不像同类应用需要选定后才能看到。
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